Projetos

O  laboratório LUAR possui dez principais linhas de pesquisa descritas nos projetos abaixo. Sua natureza diversa contribui para um ambiente rico e multidisciplinar, que instiga interação e crescimento intelectual entre seus membros.

Projeto PRODIS

PRODIS(Proteomics Database Integrated System): É um sistema para gestão de dados experimentais pFroteômicos. O sistema proposto permite uma gestão eficiente do workflow para experimentação proteômica, simplifica os experimentos de controle e os dados associados a eles e estabelece ligações entre experimentos similares através da função de rastreamento de experiência. O PRODIS foi criado para web, o que simplifica o upload de dados e fornece ao sistema a flexibilidade necessária para o uso em sistemas complexos. Dados de experimentos de Cromatografia Líquida, 2D-PAGE e Espectrometria de Massa podem ser armazenados no sistema. O sistema permite o upload, parsing de arquivos, armazenagem e apresentação de resultados experimentais e imagens nos principais formatos usados em laboratórios proteômicos: para cromatografias os cromatogramas e listas de picos resultantes da separação são armazenados; Para imagens 2D-PAGE de géis e os arquivos resultantes das análises são armazenados, contendo informações das posições dos pontos bem como seus valores de intensidade, volume, etc; Para a Espectrometria de Massa, PRODIS  fornece uma função para a conclusão da placa de mapeamento que permite ao usuário relacionar as posições na placa para as amostras separadas pelo 2D-PAGE. Além disso, PRODIS permite o rastreamento de experimentos do primeiro estágio até o último estágio de identificação, permitindo uma gestão eficiente do processo experimental completo. CONCLUSÕES: A construção de sistemas para gestão de dados para importação e armazenagem de dados Proteômicos é um assunto relevante. PRODIS é um sistema complementar para outras ferramentas proteômicas que combinam um motor de armazenagem poderoso (O Banco de Dados relacional) e uma interface de acesso amigável, objetivando auxiliar a pesquisa Proteômica diretamente com a armazenagem e manipulação dos dados.

Projeto SIGLa

SIGLa: O projeto SIGLa busca a construção de um LIMS para Biologia desenvolvido utilizando dados Proteômicos como modelo. SIGLa utiliza em seu núcleo um sistema de workflow, permitindo ao usuário especificar protocolos, parâmetros e instrumentos utilizados, bem como resultados produzidos publicações associadas. O sistema foi desenvolvido utilizando uma interface web e usa o Shark como a primeira ferramenta para gestão de workflow. Posteriormente, as funcionalidades do sistema serão estendidas para incluir outros tipos de experimentações biológicas além da Proteômica.

Projeto Verificação Formal

Verificação Formal é uma metodologia para modelar e analisar sistemas computadorizados e determinar se dadas propriedades são verdadeiras ou não no dado modelo. Os algoritmos de verificação exploram o espaço de estados do sistema exaustivamente e determina com certeza a validade das propriedades para os modelos. Representações eficientes incluem solvers de BDD’s e SAT, e são capazes de analisar satisfatoriamente um número de sistemas reais complexos. Nesse projeto, estamos estudando novas representações para o modelo e novas formas de modelagem de sistemas para melhorar a eficiência da verificação.

Projeto Biologia Sistêmica

Projeto Biologia Sistêmica: Nesse projeto utilizamos ferramentas de verificação formal probabilística para modelar e analisar sistemas biológicos e entender melhor seu comportamento. O uso de métodos formais nos permite criar modelos de previsão que podem descobrir eventos raros, porém importantes, que seriam de outro modo ignorados. Atualmente, estamos estudando sistemas de transporte de íons através da membrana das células, nomear bombas e canais de íons, e como eles reagem à presença de toxinas. Esses sistemas são importante estruturas celulares que podem por em risco um indivíduo se seu comportamento normal for comprometido. Algumas toxinas tais como as palytoxinas podem romper o comportamento normal da bomba de íon, essencialmente se transformando em um canal de íon.

Projeto P2PTV

P2PTV: Transmissões ao vivo pela internet se tornaram uma realidade, sendo que o número de streams transmitidos cresce a cada dia. Não obstante, as ferramentas atuais são limitadas em sua eficiência e robustez. Nós desenvolvemos TVPP, um sistema de transmissão ao vivo que usa a tecnologia P2P para aumenta sua eficiência e reduzir os requerimentos de largura de banda do servidor. Estamos atualmente explorando novos algoritmos para aumentar a eficiência do TVPP através da escolha de  parceiros, pedaços de vídeo e outros parâmetros durante a execução.

ELISA: Um equipamento automatizado para diagnóstico clínico baseado no ELISA e Bioquímica

Projeto ELISA: Este projeto visa desenvolver um equipamento totalmente automatizado, de pequeno e médio porte, para ser usado por laboratórios de análises clínicas para realizar testes de diagnóstico, com base na metodologia bioquímica e ELISA. O projeto inclui o desenvolvimento de um software para controle de equipamentos e gerenciamento de dados para permitir a operação automática e análise dos dados gerados de forma integrada. Este sistema vai não só permitir o funcionamento do equipamento, mas a sua configuração e programação, bem como a gestão de dados gerados por ela de uma forma ampla e integrada. Os dados gerados para análise serão processados ​​pelo sistema, armazenados em um banco de dados e disponibilizado via web, tanto para o laboratório e o cliente de uma forma segura e simplificada. O principal objetivo deste projeto é uma solução integrada para automação de laboratórios clínicos para simplificar a rotina laboratorial e gerenciamento de dados de laboratório tornando o processo de pedido de exame e entrega o resultado mais rápido, mais seguro e transparente.

Flux-MED: Um LIMS para a gestão de pesquisas médicas e dados

Flux-MED: A quantidade de dados gerados por hospitais e centros de pesquisa para a saúde é importante e em constante crescimento. estes dados consistem em informações sobre pacientes e pesquisas realizadas nestas instalações incluem prontuários, documentos, aprovações, autorizações, entre outros e pode ser grande e difícil de obter. O uso de ferramentas computacionais para auxiliar nesta gestão é comum em algumas instituições. Este projeto propõe o desenvolvimento de uma ferramenta para este fim, utilizando como base de um Sistema de Gerenciamento de Informações de Laboratório LIMS ou para gerenciar as atividades do Centro de Pesquisas Clínicas (CPC) do Hospital das Clínicas da UFMG e os dados da pesquisa de pacientes de doenças que receber cuidados na mesma instituição. Os sistemas LIMS são sistemas de laboratório de gerenciamento de dados que se adaptam facilmente à pesquisa clínica específica. Em particular, propomos a utilização de uma forma flexível de workflows orientados a LIMS, que tem grande flexibilidade, permitindo o estabelecimento de novos protocolos de pesquisa e de forma rápida e eficiente. O sistema chamado Flux-MED tem os seguintes ramos: Flux-CPC para a gestão de pesquisadores e estudos realizados a CPC; FluxNMO-DBR: um sistema para o gerenciamento e análise de dados de pacientes neuromielite óptica; FluxPCM: um sistema para o gerenciamento de dados de paracoccidioidomicose pacientes.

FluxTransgenics: Um Sistema de Gestão para a Produção de Plantas Transgênicas

FluxTransgenics: A produção e liberação comercial de Organismos Geneticamente Modificados (OGM) são atualmente o foco das discussões importantes. A fim de garantir a qualidade e confiabilidade de seus ensaios, empresas e instituições que trabalham com este assunto deve adotar novas abordagens sobre a gestão, organização e registro das condições de laboratório, onde são realizados estudos de campo. FluxTransgenics apresenta uma solução para a gestão dos dados produzidos por um laboratório de plantas geneticamente modificadas que seja eficiente e suporta diferentes tipos de informação. A sua adopção contribuirá para garantir a qualidade das atividades e produtos no processo de produção de transgênicos e impor o uso de Boas Práticas de Laboratório (BPL). Sua versão atual está sendo usada pela Embrapa Milho e Sorgo de Sete Lagoas – MG – Brasil.

Flux-OJB: Um sistema para a gestão de dados do Observatório da Justiça Brasileira (OJB)

Flux-OJB: O Observatório da Justiça Brasileira tem como seu objetivo inicial para recolher um conjunto de dados empíricos, em seis estados do país, referindo-se a organização e os usuários do sistema de justiça formal, de forma que estes dados podem posteriormente ajudar a refletir sobre toda a dinâmica para o próprio conceito de sistema de justiça. O objetivo do Flux-OJB é usar um gerenciamento baseado em workflow e ferramenta de análise de dados para armazenamento, gerenciamento e análise dos dados coletados pelo OJB para permitir a descoberta de padrões e correlações entre variáveis que permitem obter uma imagem da justiça no Brasil.

Flux-INMETRO:

Este projeto visa desenvolver um sistema para gerenciamento de dados que suporta a adesão de laboratórios para as Boas Práticas de Laboratório (BPL) e tem entre suas características a habilidade para permitir a rastreabilidade de substâncias, com ênfase na cadeia de custódia e controle de permissões de usuários , flexibilidade para atender diferentes tipos de dados de laboratório, ferramentas para a identificação de recursos experimentais que melhor se adequam BPL; ferramentas para fornecer um caminho para a produção de relatórios gerenciais automáticos ou semi-automáticos que permitem monitorar a implementação deste sistema de gestão da qualidade.